Wenn die warme Jahreszeit sich dem Ende neigt, fangen die Zwergbartagamen an, sich in die Winterruhe zu begeben. Den richtigen Zeitpunkt bestimmen die Zwergbartagamen jedoch selbst. Daran sollte man nach Möglichkeit nichts ändern. Es kommt jedoch auch vor, dass manche Tiere keine Winterruhe machen. Bei Jungtieren wird empfohlen, erst im zweiten Winter die erste Winterruhe machen zu lassen, da sie noch nicht genügend Reserven haben, um eine Winterruhe zu überleben.

Wichtig ist jedoch, bevor die Tiere endgültig in die Winterruhe können, dass man eine Kotuntersuchung auf Parasiten machen lässt. Erst wenn diese ohne Befund ist, kann man die Tiere in die Winterruhe gehen lassen.

Möchten sich die Tiere in die Winterruhe begeben, fährt man die Beleuchtungsdauer langsam von 12-14 Stunden täglich auf ca. 7 Stunden zurück. Die Zwergbartagamen fressen dann auch weniger und werden träger. Das Füttern wird so langsam ganz eingestellt und wenn man will badet man die Tiere noch ein paar mal in lauwarmem Wasser. Dadurch leert sich der Darmtrakt. Letztendlich ziehen sich die Zwergbartagamen zurück und vergraben sich oder suchen eine Höhle aus. Manche suchen nur den Boden auf und liegen fast regungslos da. Während der Winterruhe (nicht zu verwechseln mit Winterschlaf) muss man trotzdem immer frisches Wasser geben und auch ein kleines bisschen vegetarische Kost, da manche Tiere hin und wieder aktiv sind. Lebendfutter wird während dieser Phase nicht gegeben.

Die Dauer der Winterruhe bewegt sich zwischen 2-3 Monate evt. auch darüber hinaus. Erst wenn die Tiere wieder von selbst Anstalt machen aus der Winterruche zu kommen, wird langsam wieder die Beleuchtungsdauer hochgefahren. Wenn die Tiere wieder aktiver werden, beginnt man die Futterportionen und das Angebot zu erweitern. Kurz nach der Winterruhe beginnt für sie die Paarungszeit.